1、 显性等位基因旁侧区的基因组序列编码小RNA，诱导隐性等位基因启动子甲基化，抑制隐性等位基因表达。
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Trans-acting small RNA determines dominance relationships in Brassica self-incompatibility
http://www.bioon.com/biology/genetics/451936.shtml
2、 所谓的隐性显性是因为基因的表达效率不同，效率高的就被当作是显性，效率低的被当作是隐性，所以隐性基因也会表达只不过效率较低罢了。其实并不是所有的等位基因都有明显的显隐性关系的，某些等位基因表达效率很接近，就会出现共显性的现象。
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http://wenwen.soso.com/z/q191248064.htm
3、基因的排列顺序能够决定蛋白质种类、空间结构、生化功能。
基因之所以分显、隐性，是从生物体的的表现型来规定的。从分子水平上来讲，显性基因能够翻译出促进显性性状发育的相关蛋白质。而隐性基因不能够翻译出相关蛋白或是翻译出功能不如显性基因所翻译的蛋白质，从而造成生物体某种性状的显隐性现象。
所谓隐性就是缺陷型，显性是正常型，缺陷型没有正常功能的编码产物，因此在在杂合的条件下会被正常型基因产物掩盖。 其实真正存在明显显隐性关系的基因只占很少一部分。很多情况下基因显隐性并不是绝对的，比如小麦红色籽粒基因有3对，红色对白色为显性，而小麦籽粒颜色存在白-浅红-深红的变化，这种情况叫做显性基因的剂量效应。
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http://bbs.bbioo.com/forum-viewthread-tid-32307-extra-&page=1.html
4、上位效应(epistasis)则指一对基因可以掩盖另一对非等位基因的显性效应的现象，这是非等位基因之间的掩盖作用,也可以称为异位效应。非等位基因之间的相互作用实质上是基因表达的顺式调控或反式调控的结果。
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http://baike.baidu.com/view/87876.htm